La part des options proposées aux étudiants, augmente au cours du cursus. Ces options prennent deux formes : d'une part les enseignements optionnels et les domaines d'approfondissement de 5ème année où, pour des objectifs pédagogiques semblables, les étudiants ont le choix entre plusieurs parcours, d'autre part les nombreux stages et travaux personnels encadrés. A partir du mois de janvier de la 4ème année une majorité d'étudiants poursuit un semestre d'études à l'étranger. En outre, certains étudiants, déterminés tôt quant à leurs orientations, choisissent un parcours plus spécialisé dans le secteur de leur choix. D'autres, au contraire, souhaitent multiplier les expériences dans des secteurs différents pour élargir leurs horizons.
Certains s'inscrivent en parallèle au Centre de Viticulture et d'Œnologie de Midi-pyrénées pour préparer le Diplôme National d'Œnologie (DNO). D'autres choisissent une formation plus intensive en gestion/comptabilité/finance pour passer les épreuves du DSG(Diplôme de comptabilité et de gestion).

Parcours dédiés

-Parcours "Banque/Finance/Assurance" : dans le cadre d'un contrat de formation, les élèves ingénieurs acquièrent des compétences complémentaires les formant aux divers métiers de la Banque.
-Parcours "Agricultural Resources and Environmental Managment" AREM : Construite et conduite avec l'Université de Kansas (KSU), la formation allie étudiants français et américains. Elle aborde le concept de développement durable dans ses trois dimensions d'Ecologie, d'Economie et de Sociologie.
-Parcours "European Animal Managment" EURAMA : Dédié à l'analyse et la comparaison des systèmes de production et des filières animales en Europe, ce parcours se déroulant en partie à l'international, conduit les élèves ingénieurs vers un master de l'Université de Wageningen (Pays-Bas).
-Parcours "Cheng International Master in Agribusiness" : Les élèves ingénieurs de 5ème année ont la possibilité de suivre une partie de leur cursus en Chine et d'y réaliser leur mémoire de fin d'études pour valider ce master.
-Parcours " Master en Agroécologie " AgroEcos : Ouvert aux étudiants de 4ème année ce master permet aux futurs ingénieurs d'associer les compétences de l'agronomie à celles de l'agroécologie.