Les instruments d'analyse fondamentaux étant acquis, des outils et méthodes plus opérationnels sont abordés en troisième année.
L'accent est mis sur les techniques de production de transformation, et d'échange.
Les grands types de productions agricoles et agroalimentaires sont raisonnées dans le cadre de l'entreprise. En même temps sont acquis les principaux réflexes de gestion économiques et financières.
L'apport de méthode pour l'ingénieur est marqué : outils statistiques, analyse et conception des systèmes d'information, biotechnologie et ingénierie génétique, marketing.
Les enseignements des relations humaines se poursuivent sous l'angle de l'entreprise et de la prise de décision.
Les travaux de synthèse sont nombreux et amènent l'étudiant à prendre en considération les différentes contraintes humaines, techniques, économiques pour étudier un problème dans sa globalité (mémoire bibliographique, cas concret, voyage d'étude.).
Le stage de fin d'année conduit l'étudiant à participer au travail et à la vie de l'entreprise en France et à l'étranger, à s'initier aux problèmes d'organisation ainsi qu'à l'étude des processus de décisions.